닌자 가이덴 1편의 6개월 이후로 땅거미 일족이 하야부사 촌을 침략하고 이에 맞서는 류 하야부사의 또 다른 사투를 다루고 있다.
DS의 터치펜을 이용해 조작하기에 보다 쉽고 간단한 플레이가 가능하다.
덕분에 기본 무기는 용검으로 고정. 조작이 터치펜에 맞춰져 있어 비연은 위로 긋고(점프) 후에 수평으로 긋는 것이고, 이즈나 드롭은 편하게도 적을 한 번 아래로 긋고, 위로 두 번 그으면 된다.
난이도 자체가 쉽게 되어있어 회복약 하나 없이 클리어하는 것도 가능하다.
세이브 포인트에서 체력 회복 및 인법 충전도 된다. 그리고 횟수 제한이 없다. 판정도 달라서 1편의 중반에 나온 좀비들을 상대로 이즈나 드롭도 가능하다. 닌가 1편 때의 스테이지 일부를 반복하는 게 단점 이긴 하지만. 또한 기술들도 비연, 이즈나 드롭, 절기 등을 제외하면 모두 잘려서 너무 단순해졌다는 게 단점으로 지적받는다.
초반에 모미지로 첫 번째 보스인 용을 쓰러뜨리면 류 대신 린이 나오는 쿠노이치 모드를 플레이할 수 있다. 게임상의 캐릭터만 린으로 바뀌고 무라마사 영감님이 반값으로 물건을 팔고 마지막 비술서가 이즈나 드롭이라는 점을 제외하면 본편과 동일하다.
